Nel febbraio 1999 un gruppo di imprenditori, professionisti, insegnanti e genitori costituisce a Varese la Fondazione Sant’Agostino, ente gestore delle Scuole paritarie “Mons. E. Manfredini”, con lo scopo di promuovere la cultura e l’educazione presso i giovani.

Muove l’iniziativa la consapevolezza della ricchezza ricevuta nella tradizione cristiana, che apre a riconoscere il valore di ogni essere umano e a desiderare di aiutare ciascuno a realizzarsi secondo le proprie aspirazioni più profonde. Nel settembre 1999 inizia la prima classe della Scuola Secondaria di I grado, per la quale la Parità Scolastica viene riconosciuta dal 1° settembre 2002. Dal settembre 2001 la stessa Fondazione decide di istituire una Scuola Primaria per integrare la formazione di base.

La Scuola Primaria riceve la Parità Scolastica il 7 Novembre 2003. Dal 2017 la Fondazione Sant’Agostino assume anche la gestione del Liceo paritario “Sacro Monte” di Varese, che dal 1° settembre 2018 cambia la denominazione diventando “Licei Mons. E. Manfredini”.